Phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong cán bộ, đảng viên phải đặt dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo chặt chẽ, thường xuyên của cấp ủy, tổ chức đảng các cấp, mà chủ yếu là cấp ủy, tổ chức đảng đơn vị trực tiếp quản lý cán bộ đảng viên

Để phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong đội ngũ cán bộ đảng viên có hiệu quả, thì toàn bộ hoạt động phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” đó phải luôn được đặt dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo chặt chẽ, thường xuyên của cấp ủy, tổ chức đảng và chỉ huy các cấp trong quân đội, trực tiếp và chủ yếu là cấp ủy, tổ chức đảng, hệ thống chỉ huy đơn vị trực tiếp mà cán bộ đảng viên đó đang công tác.

Cấp ủy, tổ chức đảng và hệ thống chỉ huy các cấp (từ Quân ủy Trung ương …đến cấp cơ sở mà cán bộ đảng viên đó đang công tác). Cấp ủy, tổ chức đảng phải có trách nhiệm lãnh đạo, chỉ đạo chặt chẽ, thường xuyên hoạt động phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong đội ngũ cán bộ, đảng viên. Cấp ủy, tổ chức đảng, người chỉ huy (cán bộ chủ trì) phải xây dựng nghị quyết lãnh đạo (thường kỳ hoặc chuyên đề), các chỉ thị… về phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong đội ngũ do cấp mình phụ trách; các văn kiện đó cần định hướng rõ mục tiêu, yêu cầu, nội dung, biện pháp lãnh đạo hoạt động phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong đội ngũ cán bộ, đảng viên. Cơ quan chính trị đơn vị cần thực hiện tốt vai trò làm tham mưu cho cấp ủy, lãnh đạo và chỉ huy thực hiện sự lãnh đạo, chỉ đạo; đồng thời nhạy bén trong cụ thể hóa, định hướng mục tiêu, yêu cầu, nội dung, biện pháp lãnh đạo trong các nghị quyết, chỉ thị… bằng các chương trình hành động, các kế hoạch hoạt động phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa”  trong đội ngũ cán bộ đảng viên, đồng thời tích cực hướng dẫn tổ chức triển khai thực hiện có hiệu quả.

Các cấp ủy, tổ chức đảng lãnh đạo, chỉ huy chỉ đạo tổ chức thực hiện tại đơn vị là chủ thể chính, trực tiếp và chủ yếu, thường xuyên hoạt động phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong cán bộ đảng viên cấp mình. Vì vậy, với cấp ủy, tổ chức đảng, cùng hệ thống chỉ huy các cấp phải căn cứ vào các nghị quyết, chỉ thị… của cấp trên, của cấp mình, nhất là thực tiễn đơn vị để xây dựng và quyết nghị chủ trương, biện pháp lãnh đạo. Trên cơ sở Nghị quyết, hệ thống chỉ huy xây dựng kế hoạch, trong đó tập trung vào xác định rõ mục tiêu, yêu cầu, nội dung của việc phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong đội ngũ cán bộ đảng viên trong đơn vị. Cơ quan chính trị cần thực hiện tốt vai trò làm tham mưu cho cấp ủy, lãnh đạo và chỉ huy, đồng thời cụ thể hóa bằng kế hoạch hoạt động phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong đội ngũ cán bộ đảng viên, chủ động và tích cực hướng dẫn, giúp đỡ các đơn vị tổ chức triển khai thực hiện chính xác, thiết thực và hiệu quả.

Cùng với sự lãnh đạo, chỉ đạo chặt chẽ, thường xuyên của cấp ủy, chỉ huy các cấp trong quân đội, để phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong cán bộ, đảng viên trong quân đội, từng đơn vị có hiệu quả, thì toàn bộ hoạt động phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong cán bộ, đảng viên phải phối hợp chặt chẽ với các tổ chức chính trị, các đoàn thể quần chúng trong và ngoài đơn vị, phát huy vai trò làm chủ của quần chúng và nhân dân nơi đóng quân tham gia tích cực vào phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong cán bộ đảng viên đơn vị mình.